Depuis que Superman a révélé son identité secrète, le chaos règne dans les rues de Metropolis... La mafia invisible, Lex Luthor et la Legion Fatale en ont fait leur terrain de jeu, et s'y s'affrontent pour en prendre le contrôle. De leur côté, les héros font leur possible pour protéger la ville, mais c'est une guerre sans merci qui se prépare. Dans cette lutte, le plus grand des super-héros ne sera pas de trop, mais maintenant que tous connaissent le secret de l'Homme d'Acier, sera-t-il bien en mesure de défendre Metropolis ? Et ses proches sont-ils seulement en sécurité ?

Boldon, jeune garçon en soif d'aventure, débarque dans la grande ville, le rêve ! Toutes ces nouvelles odeurs, ces nouvelles saveurs, tant de créatures à rencontrer ! La découverte de son nouvel environnement est rapidement interrompue lorsqu'il croise le chemin de Spike, fier combattant du peuple Cyper, et de Matilde, jeune voleuse dont les pas la mèneront à la mystérieuse Cité des Yeux d'Or, un lieu à l'origine du Phénomène qui toucha la Terre il y a quelques années...

Séparé de sa femme et de son fils, Superman tente tant bien que mal de maintenir sa double-vie à flot.

Un équilibre ténu qui vacille lorsque la Terre, sa planète d'adoption, se retrouve projetée dans la Zone Fantôme, la prison interdimensionnelle créée sur Krypton, son monde natal, afin de maintenir en captivité les plus grandes menaces de l'univers ! Secondé par une Ligue de Justice malheureusement dépassée, Superman va devoir trouver un moyen de ramener la Terre dans sa véritable dimension.

Éparpillés dans le Multivers, Robin, Superboy, Wonder Girl, Teen Lantern, Impulse et Jinny Hex cherchent à tout prix à rentrer chez eux. Mais pour réussir, ils vont devoir affronter les réalités les plus dangereuses qui soient, et même rencontrer... leurs doubles ! Pour s'en sortir, une alliance avec les Wonder Twins et Naomi ne sera pas de trop, mais même en si bonne compagnie, parviendront-ils à retrouver leur chemin sains et saufs ?

Dans l'ombre des grandes cités, les agences d'espionnage Spyral, ARGUS, DEUS et la Force Spéciale X se livrent depuis des années une guerre souterraine et secrète faite de rivalités de clan, de multiples trahisons et parfois d'échange d'informations sur les différentes menaces qui pèsent sur la Terre.
Mais que se passerait-il si une organisation décidait de livrer une attaque sur l'ensemble de ces agences ? Un changement à la tête du syndicat du crime de Talia al Ghul, Leviathan, risque bien d'en apporter la réponse.

Depuis quelques années, Superman vivait heureux avec sa femme, Lois, et son fils, Jon, mais cette existence idyllique vole en éclats lorsque Jor-El, rescapé de l'explosion de Krypton, fait sa réapparition.
De plus, un puissant guerrier extraterrestre, Rogol Zarr, attaque Metropolis, prétendant être à l'origine de la destruction de Krypton !

Suite à l'invasion de Metropolis par les forces de la dimension magique de Gemworld, une nouvelle équipe de jeunes héros se constitue. Red Robin, Impulse, Wonder Girl, Jinny Hex et Teen Lantern forment le groupe Young Justice ! Mais lorsque ces justiciers retrouvent Conner Kent, le clone de Superman, des souvenirs de vies et exploits passés leur reviennent en mémoire, et pour Young Justice, la véritable aventure commence !

Pendant longtemps, on s'est demandé comment des criminels pouvaient évoluer dans les entrailles de Metropolis, la ville célèbre pour les exploits de son protecteur, Superman ! Aujourd'hui, alors que le Daily Planet est sur le point de sombrer et que les incendies se multiplient en ville, l'Homme d'Acier découvre qu'un ennemi invisible s'insinue dans les quartiers les plus dangereux.

En tentant d'empêcher le vol d'un oeuf de grande valeur par le Sphinx, Batman ne va pas tarder à embarquer dans une aventure qui va l'emmener à travers l'espace et le temps.
En effet, l'oeuf en question possède des pouvoirs surnaturels et le commanditaire du Sphinx, Vandal Savage, tient absolument à le récupérer. Le Chevalier Noir devra faire appel à de nombreux alliés dont Green Lantern et le chasseur de primes du Far-West Jonah Hex !

Pour sauver Conner Kent, alias Superboy, les membres de la Young Justice n'ont d'autre choix que d'infiltrer le royaume du célèbre et redouté Warlord. Mais pour mener à bien cette mission, ils auront besoin de renforts, et Sideways, Spoiler, Aqualad ainsi qu'Arrowette ne seront pas de trop. Quant à Impulse, il est propulsé dans un voyage initiatique à travers le temps et l'espace, voyage au cours duquel il découvrira de sombres vérités...

Toujours bouleversés par les révélations de Rogol Zarr, véritable responsable de la destruction de Krypton, Superman et Supergirl continuent leur enquête sur ce dangereux extraterrestre.

Mais Clark a également fort à faire avec son fils, Jon, revenu sur Terre avec quelques années de plus alors qu'il n'était parti avec son grand-père à travers l'espace que quelques semaines auparavant... Et le récit de Jon concernant ce périple n'est pas sans raviver en l'Homme d'Acier de nombreux doutes quant à Jor-El, ce père revenu d'entre les morts.

À présent que toutes les organisations d'espions à travers le globe ont été anéanties par une attaque coordonnée, une seule et même question se pose sur les lèvres de tous les agents secrets : « Qui est Léviathan ?
» Pour le découvrir, Batman et Lois Lane rassemblent une équipe constituée des meilleurs détectives de la planète et se lancent à la poursuite du premier des suspects : le justicier renégat Red Hood.

Jonathan Kent, le fils de Superman est appelé au XXXIe siècle afin de devenir membre de la Légion des Super-Héros : l'équipe composée de jeunes justiciers qui défendent les Planètes Unies. Les rejoint également une immortelle nommée Rose qui a parcouru les époques et assisté de nombreuses fois à la destruction, puis à la reconstruction de la Terre...

Les habitants d'une petite bourgade du nord-ouest des États-Unis sont chamboulés par un combat en centre-ville entre Superman et Mongul qui a entraîné autant de dégâts que d'attention. L'affrontement éveille par ailleurs la curiosité de la jeune Naomi qui s'interroge sur son passé et ses racines, avant son adoption par ses parents. Les réponses ne vont pas tarder à venir et ces secrets de familles vont aller jusqu'à mettre en jeu la survie de la Terre elle-même !

Pendant des années, Superman a défendu la justice, la vérité et l'idéal humain tout en menant une vie tranquille de journaliste d'un grand quotidien, le Daily Planet. Mais aujourd'hui, l'Homme d'Acier a pris la plus grave décision de son existence : révéler au monde le secret de son identité secrète ! Comment ses plus proches alliés et surtout ses pires ennemis vont-ils réagir à ce qui devient rapidement le scoop du siècle ?

Superman est pris entre deux feux : à Metropolis, l'Homme d'Acier se retrouve aux prises avec Brume Pourpre et Marisol Leone, nouvelle propriétaire du Daily Planet, tandis que dans le cosmos, la race des Synmar décide d'envoyer un émissaire pour tuer le surhomme ! Heureusement, le Dernier Fils de Krypton pourra compter sur l'aide de son fils, Jon, de sa cousine, Supergirl, et d'un nouveau venu dénommé Conner Kent, qui prétend être... son clone !

Alors que la présence de Superboy au XXXIe siècle continue de causer des remous au sein des Planètes Unies, de nombreux événements conduisent ce futur pourtant radieux sur une pente dangereuse. De plus, des problèmes intrinsèques menacent également la Légion des Super-Héros quand Saturn Girl et Cosmic Boy se disputent le poste de leader.